Desa Nanati Jaya berasal dari Dusun Nanati yang dulunya merupakan bagian dari Desa Gentuma sebelum mengalami pemekaran. Nama "Nanati" sendiri diberikan oleh para orang tua terdahulu karena wilayah ini dipenuhi dengan tanaman nenas yang tumbuh di sepanjang jalan. Dalam bahasa Indonesia, "nanati" berarti "nenas", sehingga daerah ini dikenal dengan nama Dusun Nanati. Pada tahun 2000, Desa Gentuma dimekarkan, dan lahirlah Desa Nanati Jaya sebagai desa hasil pemekaran. Desa ini terdiri atas Dusun Nanati, Dusun Sapawea, Dusun Malagoso, dan Dusun Mekar, dengan Kepala Desa pertama adalah Bapak Hamid Duran. Kemudian, setelah terbentuknya Kecamatan Gentuma Raya pada tahun 2008 yang menetapkan kewajiban pembentukan 10 desa dalam wilayahnya, maka pada tahun 2010, Desa Nanati Jaya kembali dimekarkan. Desa hasil pemekaran tersebut tetap diberi nama Desa Nanati Jaya. Desa Nanati Jaya resmi menjadi desa definitif pada tanggal 22 Desember 2010 dan dipimpin oleh Penjabat (PLH) Kepala Desa, Bapak Husin Djeden.
